高斯Gauss计算单分子光谱基本流程

使用软件：

建模软件（Material studio; Chem 3D） 2. 模型查看软件（GaussView）3. 计算软件（Gauss的Linux版本）

目标：

构建孤立体系（不具有重复单元的体系），优化结构，模拟出对应的性能谱图。

注：第一次接触化学计算的东西，该经验只是记录个大概范式，并不能算作严谨的预测和仿真过程。

步骤：

用chemdraw，Material studio等软件建模.pdb

MS的菜单栏有功能键可以对分子结构进行预优化。

用GaussView将模型转换成.gjf

Notepad++ 改.gjf命令为

`%nproc=48 #服务器核数

%mem=100GB #占用计算内存，超过了会自动设成最大

%chk=BTACA.chk #gif文件的名字

#p opt b3lyp/6-311+g(d,p) #计算方法和基组，从别人的文章和论坛中去学用哪个合适，以及为什么

Title Card Required #下面就是笛卡尔坐标了

... #坐标结束在linux系统中空出来两行，否则容易报错

Linux创建sub.g16文件

#!/bin/bash
#SBATCH -n 48 # 单节点48核
#SBATCH -N 1 # 申请一台节点

# 打印任务信息

echo "Starting job $SLURM_JOB_ID at " date
echo "SLURM_SUBMIT_DIR is $SLURM_SUBMIT_DIR"
echo "Running on nodes: $SLURM_NODELIST"

# 执行任务

## 使用 /tmp/gaussian/scratch 目录做临时读写

#使用前请检查/tmp/gaussian/scratch 目录是否有大型文件，如有请删除

module load Gaussian/16.A03
export GAUSS_SCRDIR=/tmp/gaussian/scratch
g16 Name #主要就是改这个名字

#任务结束
echo "Job $SLURM_JOB_ID done at " date

Linux提交sub文件

sbatch sub.g16

用Gauss将计算结果log文件的最后一帧导出.gjf，这个就是基态结构的稳定过程。

红外(IR)光谱模拟

在Gaussview可以查看红外光谱模拟图。

紫外(UV)和圆二色(CD)光谱模拟

可以将gjf再改方法和基组算激发态。如#p PBE1PBE/6-31G(d) TD(nstates=10)，也可以再文献上找别的方法。

用软件SpecDisv1.71进行计算log文件。

后记

该过程只适用于无金属离子的游离有机分子。个人认为进阶还可以更多考虑使用何种方法和基组，如何考虑分子与分子之间的相互作用，甚至是不是可以自己写方法？